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故事起源于遥远的“圣经时代”。根据最为古老的犹太圣经记载，被称为第一使徒的亚当与他的第一个妻子，第二使徒莉莉丝结合，从而诞生了“魔界之子”路西法（）（LUCIFER，又译“李林”）。然而，莉莉丝因为不甘臣服于亚当而逃离伊甸园，最终成为了地中海一带作恶多端的“邪恶圣女”。 然而，上帝耶和华（YHVH）不能宽恕莉莉丝的背叛行为，于是派天使去捉拿她。但是，莉莉丝与亚当之子，身为第十八使徒和天使长的路西法，却违背了神的意志，试图阻止对莉莉丝的捉拿。因此，路西法成了“叛神者”，但仍保留了天使的称号，称为“堕落天使”。 上帝被接二连三的背叛激怒，向路西法发出最后的警告，希望他能迷途知返。然而，路西法为了母亲而放弃了忏悔。于是，盛怒的神剥夺了亚当，莉莉丝，路西法的天使称号，并派出其余的十五个使徒，组成神军，讨伐叛逆。 在地中海边，路西法孤身与神军展开决战。力量单薄的的路西法，在经历了三昼夜的血战之后，最终死在众神的脚下。同为神的后裔，这场路西法与众天使之间的同族之战，终于以背叛者的失败告终。 而在远方的伊甸园中，亚当和夏娃因为偷吃了“智慧之果”而触犯了神的禁忌，背负着“原罪”，被赶出了伊甸园。人类从此脱离了神的世界，开始自立。 千百万年后，“挪亚时代”来临。此时的人类变得日益堕落，不敬神明。为了惩罚人类，神降下大洪水，淹没了整个世界。这就是“第一次冲击”（THE FIRST IMPACT）。然而，人毕竟是神的后裔，挪亚得到了“神谕”，从而以“挪亚方舟”保全了家人的生命和尘世的生灵。人类得以在灾难中幸免。 在以后的岁月里，人类开始创造自己的文明。在千百年之后，获得了以前被认为只能属于神的“魔术”，人类则称其为————科学。 而我们的故事，则在这个背景下展开1999年，当人们为“千禧年”的到来而雀跃欢呼的时候，任教于京都大学的冬月幸增教授与碇唯相识。不久之后，碇唯便将自己的男友六分仪源堂介绍给冬月教授。据说，元度正在借与碇唯交往的机会，试图接近她背后的神秘组织SEELE。 2000年9月13日，神的惩罚再次降临了。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。史称“第二次冲击”。 2001年，故事的主角碇真嗣诞生。 2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。联合国正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。 其实，第二次冲击完全是人类自己造成的。前面提到过，亚当作为“人类之祖”，其真正的身份是第一使徒。人类在不经意间拣到了亚当的身体。然而，作为神的亚当是不应该留在人间的。但是，人类————或者说是少数几个知道真相的精英，却要逆天行事。于是，当第二使徒莉莉丝来到人间找亚当时，人类不得不引发了“第二次冲击”，这才将莉莉丝的躯体封印在十字架上。但是，莉莉丝却把另外15个使徒的核散播到世界各地，为的是它们长大后夺回亚当。就这样，已经恢复到卵状态的亚当，以及莉莉丝被封印的身体，都被留在了人间。 2003年，联合国完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。 2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。 2007年，美里和加持分手。 2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。 2009年，葛城美里加入研究所。 2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。 2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面 2014年，第二个绫波丽转学进入第3 新东京市地壹中学校内 2015年，决定人类命运的时刻终于来临了。同样是在毫无征兆的情况下，巨大的不明生物开是突袭第三新东京市。而敌人的身份是第三使徒。他的到来是为了把留在NERV总部地底深处的亚当和莉莉丝带回神的世界。面对使徒的攻击，盟军的抵抗显得软弱无力。而此时此刻，在已封锁的街道上，有一位彷徨的少年————他会成为拯救世界的英雄吗
