莫扎特晚年的生活每况愈下，身体也越来越糟，他不得不经常向朋友们求援。当他最后一部杰出的歌剧《魔笛》（The Magic Flute）首场公演时（1791年9月30日），他已痼疾缠身。有一天，一位神情冰冷、身着黑衣的陌生人前来拜访，他请大师为他写一首《安魂曲》。陌生人走后，身心交瘁的莫扎特含着眼泪对妻子说，这部作品将为他自己而写。“他带着一种狂热的拼死劲儿开始写最后一部作品—— 《安魂曲》。莫扎特处于过度劳累的状态中，他摆脱不了这部‘为死亡而作的弥撒曲’是为他自己而作的这样一种念头，他认为自己不能活着完成它了，他鞭策自己来写这部充满死亡景象的杰作，开始了与时间进行悲剧性竞赛。”一个永远的遗憾是，这场竞赛的胜利者是死神。《安魂曲》写到一半时，莫扎特再也握不住手中的笔……这部传世之作的最终完成者，是他的得意门生修斯梅尔。
《魔笛》上演后所获得的巨大成功为濒临崩溃的莫扎特带来难以形容的最后的欣慰。1791年12月4日深夜，他躺在冷冷清清的病榻上，喃喃自语地想象着《魔笛》的演出：第一幕结束了…….现在开始夜后的咏叹调……凌晨1点，他悄悄地阖上了双目。此时，豪华的威登歌剧院灯火辉煌，舒适的包厢座无虚席，维也纳各界人士济济一堂，正在津津有味地欣赏着大师的新作《魔笛》。
出殡那天，狂风呼啸，大雪纷飞。恶劣的气候迫使几位送葬的亲友都中途返回，只剩下一个掘墓老人赶着灵车踽踽独行……。这是一个埋葬罪犯、流浪汉与贫民的坟场，下葬的墓穴里已有两口他人的棺材。康斯坦采当时重病卧床，没能到场。当她数日后前往坟地时，已无法找到准确的墓址。人类文明史上的一代奇才就这样无影无踪地消失了，身后留下尚未还清的1682弗罗林的债务。最初并没有人知道莫扎特，比起长寿而晚成的海顿来，莫扎特刚好相反——短命而早熟。然而就在他不足36岁的一生里，却为人们创造出数量惊人的音乐瑰宝。其中包括：歌剧22部；以《费加罗的婚礼》（The Marriage of Figaro）、《唐璜》、《魔笛》最为著名；交响曲41部，以第三十九、四十、四十一交响曲最为著名；钢琴协奏曲27部，以第二十、二十一、二十三、二十四、二十六、二十七钢琴协奏曲最为著名；小提琴协奏曲6部，以第三、第四、第五小提琴协奏曲最为著名；此外，他还写了大量各种体裁的器乐与声乐作品。
