维也纳新年音乐会的起源颇令奥地利人尴尬。
1939年12月31日，一场为筹集第三帝国战争冬季物资的特别音乐会在维也纳金色大厅举行，早前公开彩排时，希特勒也曾到场。（奥地利人经过多年的努力取得了一个巨大的成就，那就是让大家都觉得希特勒是德国人，而贝多芬是奥地利人。）执棒这次音乐会的是奥地利指挥家克来门斯·克劳斯（Clemens Krauss），这也是历史上的首次新年音乐会。由于时局的关系，第二次音乐会间隔一年，在1941年1月1日才得以举行。随着时间的流逝，大家已经淡忘了这一令人不快的缘由。1954年克莱门斯·克劳斯死于墨西哥城。
后来由乐团商定从1955年开始，维也纳爱乐乐团传奇的小提琴首席威利·博斯科夫斯基（Willi Boskovsky）开始接手爱乐的新年音乐会。他恢复了约翰-施特劳斯时期一边演奏小提琴一边指挥乐团的传统，这一坚持就是20多年。1980年音乐会正式交予美国人洛林·马泽尔。
