▲拿破仑照片
1797年10月27日，法奥和约签订后的第十天，拿破仑被任命为新的英吉利军团司令，准备组建军队进攻英国。1798年2月，拿破仑通过巡视英吉利海峡的几个港口和分析了法国海军的能力之后，作出了无法远征英国的报告。而在3月，拿破仑与塔列朗曾讨论出兵远征马耳他和埃及的计划，因为这样可以切断英国与其属地印度之间的交通线。所以在4月报告督政府之后，拿破仑于4月21日开始密秘组建远征东方的东方军团。
东方军团组建工作进展的很快，5月9日，拿破仑由巴黎到达土伦，检查三万七千官兵登船的最后准备工作。在登船前夕，拿破仑在次向部队发表套路般的动人心弦的演说，答应在他们回国时每人分给六英亩土地。
这次远征的保密工作做得很好，仅有少数几位高级军官知道他们正驶往埃及。直到最后一刻官方还宣称这是驶往热那亚的军团，其航行的消息直到两周后才被英国人知晓。但是在西地中海的英国纳尔逊舰队还是比较警惕，纳尔逊率领军舰开始追击海军。
6月9日，拿破仑平安抵达马耳他岛。登陆部队在该岛分数处上岸，并立即围攻设防的瓦莱塔港。马耳他的骑士团只作了象征性的抵抗便于6月12日上午三时放弃了这座坚不可摧的要塞。在其后六天里，拿破仑极为繁忙，他视该岛为法国的一个属国，重整那里的政府和经济。他留下沃布瓦将军的四千法军镇守马耳他，并于6月19日继续航行。6月30日，拿破仑抵达埃及水域。
当远征船队驶近埃及海岸时，拿破仑派了一艘快速帆船先行，以侦察亚历山大港。这艘快速帆船于6月29日驶抵该港，找到了法国领事马戛龙，并于次日把他带回旗舰。从这位领事的口中，拿破仑得知纳尔逊的一艘舰船在两天前曾到过亚历山大。拿破仑听说纳尔逊的舰队就在附近游弋，心中十分不安，便决定立即在港西的开阔滩头登陆。军中的布律埃斯将军力劝他不要这样做，因为岸边水浅，运输船只能在离岸三英里远的水面抛锚而当时又正刮着北风。他指出在亚历山大港以东十四英里处的阿布基尔湾有一个隐蔽的锚地和滩头，是一个合适得多的登陆地点。然而拿破仑担心英国舰队会随时来袭，便拒绝了这位海军将领的忠告，并坚持立即在小渔村马拉布特附近登陆。7月1日中午，尽管刮着北风，部队还是开始在马拉布特登陆。其中首先登岸的三个师立即向亚历山大前进，结果只遇到了微弱、零星的抵抗。中午时分，法军以伤亡三百人的代价占领了亚历山大，不过其中两位师长也负了伤。
进入亚历山大的拿破仑在次做起了宣传工作，这次没有用演讲而是用了阿拉伯文告示向当地的居民作了宣告。声称法国人不是来打埃及人，而只是打击压迫他们的马穆鲁克统治者。最能忽悠人的是他还宣称法国人是真穆斯林，并早已废黜了“经常挑唆基督徒与穆斯林打仗”的教皇。因此，他要求所有真正的埃及人应帮助法国人驱逐马穆鲁克。但是这次的宣传战的效果如何下文我会在介绍。
6天之后，所有的部队和物资都上岸了。克莱贝尔率二千人留守亚历山大并任总督，梅努受命占领罗塞塔（今拉希德）后也留任总督。拿破仑则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的四个师抄近路，穿沙漠，经达曼胡尔向尼罗河上的拉曼尼亚进军。
从亚历山大出发的主力部队走的全是陆路，又因为法军没有给部队提供热带服装和水壶。部队干渴难熬，跟不上大部队的士兵都会遭到贝督因人的凌辱和肢解。因此部队不敢歇息一气一直走到尼罗河边，在那里又因暴食西瓜而普遍腹泻。法军部队士气低落，而师长们也纷纷在拿破仑面前叫苦不迭。在拉马尼亚与延尼罗河进军的杜高师会合后，准备向开罗进军。7月12日，法军抵达舒卜拉基特。此时，马穆鲁克的骑兵约一万多人也作好了战斗准备，但是马穆鲁克的骑兵冲锋遭到了滑膛枪和霰弹的迎头痛击。拿破仑立即乘胜追击溃退之敌，7月20日傍晚，法军抵达离开罗只有12英里远的尼罗河分叉处。而马穆鲁克组织了三个集团军，分别是穆拉德在左岸的因巴拜，而易卜拉欣则在右岸的布拉克，中路还有一支马穆鲁克的武装船队守卫在河上。
法军于21日凌晨2时开始进发，大约到下午2时，就碰上了在因巴拜掘壕据守的穆拉德军，在进攻中穆拉德军损失了八百多人，最后穆拉德军向尼罗河上游退去，而易卜拉欣则率右岸的部队朝东北方向的西奈沙漠逃去。
但是7月31日，留在亚历山大的法国舰队被英国纳尔逊的舰队发现，经过一天多的战斗，法国舰队司令布律埃斯将军战死，此时的局势颇像第七次十字军东征时的情景，法军因为亚历山大的海军被消灭与国内的联系被英国切断，而马穆鲁克人的主力并未被消灭，易卜拉欣已越过西奈半岛退往巴勒斯坦，而穆拉德则往南退到了上埃及据守。此时更坏的消息传来，土耳其在9月2日向法国宣战。而拿破仑对坏的局势视而不见，仍然分兵沿尼罗河追击穆拉德。
来到1798年的12月，奥斯曼帝国的叙利亚地区的总督杰查在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及。拿破仑决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新召募的五万大军(包括少量法国人，阿拉伯人和努比亚人)逼迫苏丹言和，打破局面。次年2月，五万军队从开罗出发向阿克进军。2月24日攻陷加沙，3月3日攻陷雅法，3月10日到达了阿克港外。但是法军运送攻城重炮的船只被英国海军俘获。导致在拿破仑攻城时不仅没有用上这些重炮，反倒遭到了这些重炮的轰击，因为它们被英军转给了守城的土耳其军。经过一个多月的围攻战，法军未能攻破阿克港，5月10日，拿破仑终于决定放弃围城。
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