我是法人只占49%另一个股东占51%。那我是听他的还是自己的

他控股，他说了算。

大事他做主 出事有事会先找你 你是法人

按合约约定走，你是法人，因此承担了企业的法律责任，企业经营好坏甚至破产清偿，你是第一责任人，而控股多的股东，他只是出资方，企业经营好坏他所承担的法律责任会少。
比较理想的就是两人协商后订立合约，出资人委托你运营管理，这样企业经营会更畅顺，站在你的立场，合约上还要约定回购股份的条件和回购多少，如果企业一直是这种状况，对长远发展不利，在你有能力承担的条件下，至少保持7:3的股份占比才是比较安全的，你手头所占更多股份未来也可以做更多的事，比如增加股东，吸引投资等等。
一定要协商合约注明，合约要律师行来按协商内容订立，这样才能较为保障你的权益。