国有独资公司能否指定会计师事务所审计

可以，不需要招投标。如果款项较大，希望举行招投标，也是可以的。这项业务不在招投标的硬性规定范围。但是对发行债券进行审计，必须具备这个业务的审计资质，否则无效。
这样的审计，一般都是格式化审计，可以到人民银行拿审计书样本，并根据审计书样本和会计事务所进行业务洽谈。