关于凉宫春日的消失，我有一些问题想问一下？

这么看来的话楼主应该看的是剧场版吧。我是很久之前看的小说，特意回去看了一下才来回答问题。

1>我认为阿虚的“吻合了”指的是他复述的这一段话和未来的阿虚之前对他说的话基本一致。阿虚意识到那是未来的自己后就知道自己将来一定要回到过去重复一遍这段话。如果说错了会导致世界发生改变，所以自要好好记住。
2>这个问题我觉得用阿虚用茶水在长门的桌子上画出的图就可以说明。12月18日清晨，阿虚所在的时间线发生了很大的改变，几乎可以被看成是一个平行世界了。去救被刺伤的阿虚的朝比奈、长门和未来的阿虚则是从原来的正常的时间线延续下去的未来中赶回去的。如果觉得很在意时间悖论的话就把被改变的世界当成平行世界好了。
ps.后续关于阿虚回到过去救自己的故事可以在凉宫春日系列第五卷《凉宫春日的暴走》和第六卷《凉宫春日的动摇》中看到。楼主想要的话我可以传上来。