钢之炼金术师是不是有两个版本？

03年一部。是当时BONES的无视漫画自创剧情。还有就是去年的FA。是遵循的漫画的剧情

是的，两个版本的钢炼在开篇和主要人物是一样的，当时03版出得快，一星期一话，而漫画则一个月一话，明显更不上动画的进度，因此不得不另行制作，从另一种意义上说，03版是另一个版本，漫画部分只占了1/9左右。而09年的FA则是根据漫画内容动画化，95%以上的内容都是漫画里的，除了第1话是剧组自行创作、
第27话属回忆录（全是之前播过，凑合起来做一话。

补充一下FA与03版的主要区别：

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03出的时候漫画才到第8卷，所以03是脱离原作漫画自己原创剧情的作品,当然借鉴了一部分漫画情节（大概占漫画情节的1/9左右).
　　●漫画和03版动画在主线剧情完全不一样，基本上可以说除了个别人名一样、外形一样以外没有任何相同的地方（但比较接近原漫画的风格例如馒头脸之类）。比如03版动画的但丁，漫画里就根本没有这个人；还有03版泉师傅的孩子在漫画里没有出现过；03里爱德华的妈妈成为了人造人，在漫画里也没有这个人……
类似这种根本性的差别有很多，无法一一列举。
　　●09/FA是按照漫画原作剧情进行的动画，所以和03版没有任何联系。可能你会觉得前几话“看过”，那是因为03版借鉴了漫画情节所致。实际上你觉得你“看过”，还是很多细节上的地方不一样的。这些不同的细节汇集在一起将在日后成为巨大的差别。
应该一说的是，03版在人设方面确实做得很好，同时这也成了FA被挑剔的主要点（制作班底大换血就是不好啊！！）

第二部比第一步好看~但是剧情的话第一步比较完整

是啊，一个是动漫原创剧情，一个是钢炼FA，也就是漫画剧情，但是前几集都差不多的，只不过到了后面前者就开始原创了，而钢炼FA是完全按照漫画改编的