故事叙述在美国南北战争时期，几个被困在南军中的北方人，中途被风暴吹落在太平洋中的一个荒岛上，他们团结互助，建立起幸福的生活；直到格兰特船长的儿子罗伯尔所指挥的“邓肯号”经过那里时，才把他们搭救；回到美国之后，这几个“岛民”又重新开始他们在岛上建立的事业。
神秘岛虚幻但不过分脱离现实。他的幻想，都是基于科学知识，因此并不让人产生高不可攀的感觉。他在作品中巧妙地融入了丰富的科学知识，让读者在欣赏故事的过程中也自然而然地受到了科普知识的熏陶，其中蕴含的冶金学、爆破学、工程学、水利学、动植物学、天文学、物理学等各方面的科学知识，让这部作品既引人入胜，又极富教育意义
