关于奇门遁甲的起源，在道教古籍《秘藏通玄变化六阴洞微遁甲真经》、《轩辕本纪》、《奇门遁甲思维导图》、《神机制敌太白阴经》、《烟波钓叟歌》等多有记载。
四千六百多年前，黄帝和蚩尤在涿鹿展开一场前所未有的大战，蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，呼风唤雨，无所不能；在战场上制造迷雾，使得黄帝的部队迷失方向。
有一天晚上，三更半夜大家都在睡梦中，忽然，轩辕丘上传来惊天动地的声音以及非常强烈的光芒，惊醒了黄帝及众人。
大家匆匆忙忙的起床，跑过去一看，原来有彩云自天空中缓缓下降，从彩云之中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧着一个长九寸阔八寸的玉匣，黄帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册《龙甲神章》，于是，黄帝根据书里面的记载制造了指南车，并根据书中所著的兵法排兵布阵打败了蚩尤。《龙甲神章》除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多行军打仗、遣兵调将的兵法。黄帝要他的宰相风后把龙甲神章精心译制，最后演译成了兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。
