老板说,希望有缘能一起共事,怎么回他？

我感觉你可以礼貌的回一句“谢谢”，如果你想进入他们公司的话可以再说一些自己的优点或者优势来挽回现在的结果。
因为当他说有缘能一起共事的话大概率是不会和你一起共事，所以如果你在应聘应该说一些有利于自己的话来挽回，如果只是闲谈那么说一声谢谢永远都不会让你很被动。同时可以说“感谢老板对于我能力的肯定”等一些话。