佛祖统纪的残缺部分

本书列传部分，残缺极多，有些人在其他书中，还可以找到传记。如卷十八所缺的正庵端信、晦庵慧明，在《释门正统》卷七中都有传存在。同卷的古镜文杲、卷二十的顽空智觉，也见于《续佛祖统记》卷上。
此外卷十七的佛光法照，卷十八的云梦允泽，古源永清，也都见于《续统纪》卷上。而且法照逝世于咸淳九年（1273），允泽逝世于元大德元年（1297），永清逝世于元至元二十八年（1291），这些人的卒年晚于本书的刊行年代，他们的传是不应出现在本书中。
《续佛祖统纪》著者所见到的本书，和现今流传的版本不一样，是没有这些人的，故此才在《续统纪》中著录。
本书现在流通的本子，则是经过后人的增补。再，卷十八现存目录上，载有佛光照法师法嗣子庭师训等二十三人，佛光照就是法照，也是本书的校正人之一，不应列入本书，更谈不到他的法嗣了。
卐字续藏本在卷十九目录后面，还存《文节传》一篇，他是元至正二年（1342）逝世的，卷四十八还载有咸淳以后直至元顺帝至正二十八年的记事，后人附益进去的痕迹，更为显然。
又卷二十四《佛祖世系表》中，也载有以上元代逝世的人。卷五十三《历代会要志》经目僧数条也记录元世宗时代僧尼人数和寺院所数，同样都是后人所补入的。