我没有借钱，但写了借条，当官司，会输吗

个人觉得你应该还他。你们合伙做生意，在她退股时，说明你们的生意还值2万元，她一万。你也写了欠条。这表明你们都协商好，都同意。后来是亏本还是赚钱。这跟你妹妹都没有关系。你反过来想想，要是你妹妹退股后，你的生意非常红火，赚了几十万，上百万。你妹妹过来跟你说，这欠条一万不算，我们继续合伙的。你愿不愿意 。
你说“在她写终止合同后就没有做了，全部赔了”是不是她退股后，你还有做一段时间。如果没有，那是散伙，而不是她退股。

你命苦，新的合同法颁布以后，诉讼有效期有原来的两年延长到二十年，你赢不了了。看你们的样子协商肯定是概率不大，最好的方法是找个德高望重的人调解调解。

应该你会败，一切靠证据说话，即使最后你打赢了，也是个两败俱伤，不值当的