请问一下：我想注册商标但是经过查询以后才发现我的公司名字已经被别人注册了，现在我可以怎么办

楼主的问题我也没太明白，既然楼主都说经过商标查询后得知已经被别人注册了，我就可以理解为贵公司想用自己公司的 商号作为商标来申请，经过商标查询发现被注册了。既然发现被注册了也就是说你查的商品或者服务项目应该是属于同类或者类似，楼主回答时怎么又说商品不类似呢？既然不类似何来发现已经被别人已经注册之说呢？所以，楼主的问题我还是没太明白！
如果楼主是想公司名称中的商号作为商标来申请，由于公司名称中的商号使用年限长，不舍的放弃这个名字，那么可以把名字发来我看看，是否能帮您把商标权拿到手，这都是有可能的，不是说别人注册了你就一定没有机会了，世上没有绝对的事，只是相对而言罢了，如果不想放弃这个名字我可以帮助楼主研究研究！

换其他的名称注册了

可以修改一两个字后再查询下是否可以注册。公司名字和商标可以不一样的。