英语长难句？

可以省略。that从句是宾语从句，that只起引导作用，无词义。

前半句的that确实可以省略。
这里之所以要加that，是因为其后是一个句子（宾语从句），而一句话不能有两个谓语think和are，所以要用that连接一下，英语里称作引导词或关系代词。

加that是因为后面的句子是宾语从句，且句子结构完整，为主系表结构，因此必须加THAT。I THINK 是主谓结构，而THINK是及物动词，后面必须加宾语，而THAT YOU ARE BEAUTIFUL整句充当宾语。I THINK YOU ARE BEAUTIFUL,语法不通。I是主语，THINK是谓语，YOU是宾语，此句已完整，ARE BEAUTIFUL就是多余的，显然没有THAT连接是错误的。
逗号后面的定语从句，先行词是逗号前面的一整话，也是WHICH指代的内容。

这儿加个that的目的是告诉读者后面的定语从句中的which 是指代you are beautiful这个句子，要是没有that, 别人会误会which指代I think you are beautiful这个句子了。