电脑上有三个系统怎么办？

老实说你的系统安装在D盘的话，其实还有部分系统启动文件是在C盘的，这时候你是不能格式化C盘，否则你连D盘上的系统都进入不了的。如果你确定你的系统是安装在C盘的话，可以把C盘上WINDOWS这个文件夹删除掉就可以了。
不过我建议你还是重装多一次系统好，在重装的时候选择安装在C盘，并对C盘进行格式化后再安装，这样可以解决掉三个系统的问题了。