1937年7月，日本帝国主义发动全面侵华战争，中华民族处于生死存亡的危急关头。为了全民族的利益，国共双方摒弃前嫌，实现第二次合作。中国共产党坚持统一战线中的独立自主原则，逐渐成为抗日战争的中流砥柱。在这场正义的民族战争中，面对复杂多变的国内局势，作为太行抗日根据地的主要负责人之一，邓小平显示出其作为政治家、军事家的风采。
1938年1月18日，邓小平由八路军总政治部副主任调任一二九师政治委员。正当邓小平接受重任之际，中国共产党内正面临着一股右倾错误的干扰。1937年11月29日，中共驻共产国际代表团团长王明从莫斯科回到延安，在12月9日的中央政治局会议上，王明作了《如何继续全国抗战与争取抗战胜利呢？》的长篇报告。第二日的会上，王明又作了第二次发言。王明的报告和发言，提出了一套较为系统的右倾主张。公开抹杀共产党的全面抗战路线同国民党的片面抗战路线的原则分歧，认为国民党是抗战的领导者，否认共产党在抗战中的领导作用；否认抗日统一战线中的独立自主原则，主张“一切服从统一战线”、“一切经过统一战线”，把自己的行动限于国民党蒋介石所允许的范围内，反对放手发动和武装群众；轻视共产党领导的游击战争和人民军队以及敌后抗日根据地的作用，幻想依靠国民党军队求得速胜。在12月25日起草的《中国共产党对时局宣言》里，王明进行推行他的右倾主张。
王明的论点显然有悖于洛川会议精神。但由于王明是共产国际派来的“钦差大臣”，因而迷惑了不少与会者。一时间“一切服从统一战线”、“一切经过统一战线”的论调充斥报刊、会议，许多大刀阔斧地开辟敌后工作的同志被打在闷葫芦中，不敢大张旗鼓地发动群众，组织游击队，开展抗日活动。1938年1月5日，中央军委任命邓小平为一二九师政委的电报下达，1月6日，北方局、军分会在马牧召开会议正式传达。传达会刚刚结束，邓小平和彭真就去刘少奇住处，就王明的讲话和报告提出了一系列质疑：12月会议和洛川会议的精神为什么明显的不同？如果国民党当局不同意我们发动群众，不同意我们建立敌后抗日根据地，我们还怎样开展工作？邓小平认为，没有自己掌握的部队，目前这种情况岂不坐视大革命的悲剧重演吗？刘少奇对此也想不通。从刘少奇处出来，邓小平和彭真又找任弼时谈了他们的观点，得到任弼时的支持。
晚上，刘伯承、彭真来到邓小平的住处，研究回去后该怎么办。邓小平谈了他的观点与想法。他认为，王明从国外带回的意见，不符合中国目前的抗战实际。王明过高地估计了国民党政策的转变，把抗战胜利的希望主要寄托在国民党军队身上，注定是要失败的。毛泽东早在洛川会议上就指出，要把国民党提高到共产党所主张的抗日救国十大纲领和全面抗战上来。因此，共产党在抗战中必须有当仁不让的气魄，主动地、勇敢地挑起领导抗战的担子，用全面抗战的路线，去影响、带动国民党。刘伯承和彭真赞同邓小平的意见。1月18日，邓小平、彭真回到太行山中，与随后赶回的刘伯承一起，本着独立自主的原则，以当仁不让的气魄，采取了一系列有力的措施。为了迅速打开冀南地区工作局面，从三八五旅七六九团抽调3个步兵连、1个机枪连和1个骑兵连组成东进纵队，于1月挺进冀南；1月28日，以师教导团派出的干部为骨干，建立起一二九师游击大队，到榆社、武乡、襄垣、黎城一带活动；
2月9日，以师教导团的30多名干部和地方党相配合，建立起一二九师游击支队，到平（定）和（顺）公路以东、正太路以南、平汉路石家庄至内丘段以西地区活动；2月10日，以师教导团2个连为骨干，建立起一二九师先遣支队，到辽县以东、平汉路邢台至磁县段以西及漳河以北地区活动；2月17日，以三八六旅七七一团的1个步兵连和教导团的部分干部为基础，建立起一二九师独立游击支队，在白（圭）晋（城）公路以东、漳河以南、平汉路以西的地区活动。在大刀阔斧地分遣部队、发展游击战争的同时，一二九师师部和冀豫晋省委召开了一系列会议，全面部署太行山区的工作，进一步统一思想，贯彻洛川会议的独立自主思想。2月2日到3日，刘伯承、邓小平召开一二九师第五次军政会议；2月4日到5日，一二九师召开高级干部会议；
一二九师开会的同时，彭真、李雪峰召开了有各特委、县委、区委（有的为工委）负责人参加的冀豫晋省委活动分子会议；3月中旬，邓小平等协助李雪峰以中共冀豫晋省委名义，在西河头村召开建立太行山根据地会议。在邓小平等领导下所采取的这一系列措施，发挥了激浊扬清的作用，王明的错误主张给敌后工作带来的阴影被一扫而光，抗日的新局面开始形成。
1940年8月，彭德怀领导华北八路军发起了震惊中外的百团大战，取得了辉煌的战果。刘伯承、邓小平率一二九师38个团参加了百团大战。从8月20日夜至9月30日，百团大战第一、二阶段取得重大胜利。受到沉重打击的日军恼羞成怒，不得不暂时放弃对正面战场国民党军队的进攻，集中兵力向华北各抗日根据地进行疯狂的大扫荡。从10月6日起进入百团大战的第三阶段。一二九师在敌人强大的进攻下处境十分艰难。10月28日，刘、邓率师部人员连夜到达宋家庄，在日趋严重的形势面前，给每人发了一支步枪，准备各自为战。彭德怀命令一二九师集中全力在关家垴消灭敌三十六师团冈崎大队。29日，陈赓指挥三八六旅以及决死纵队对关家垴实施总攻击。整整一个上午，炮声隆隆不息。中午，刘邓率师部人员奔赴前线。赶到西申坡后，邓小平指示：“一切为着前线的顺利！今晚机要科、一科任务特别重，不能睡觉！”尽管机要科和一科的同志疲惫不堪，但他们都不折不扣地执行邓小平的指示，坚守岗位。夜十时许，彭德怀来电，规定次日4时发起总攻。要求不惜一切牺牲，坚决消灭关家垴、东庄、中村之敌。从4时开始到中午，战斗一直在激烈地进行，敌机狂轰滥炸，一二九师的伤亡数字不断增大。
在距关家垴不远的刘邓指挥所内，刘伯承、邓小平密切关注前线战况。陈赓电话报告说，部队伤亡太大，有的连队只剩下十几个人，已经有些顶不住了。关键时刻，刘伯承对着话筒对陈赓大声说：“……同志！无产阶级的队伍，难道我不心疼吗！”说完，气冲冲地把话筒一摔。这时，邓小平拿起电话，十分严肃地对陈赓说：“同志！全局！全局！要从全局出发！要不惜一切代价坚决拿下来！打大仗不可能无伤亡，问题是把火力组织好，一鼓作气，减少伤亡。”邓小平几句简短有力的话，特别是“全局！全局！”这几个字字字千钧，陈赓表示坚决服从，继续率部与敌拼杀。这以后，电话来往不断。一会儿听说已歼敌500余人，还要300余人逃进了山里的窑洞。刘伯承对着话筒怒吼：“把手榴弹从烟筒里扔进去，给我炸！用石灰呛死他！”邓小平接过去说：“用柴火向洞里烧，熏死他！”在刘邓的指挥下，前线将士浴血奋战，打得日寇丧魂落魄。据日军抓去的民夫回来讲，日军在死尸堆里抱头痛哭。
关家垴一仗后，在部队传出一种说法，说陈赓谁都不怕，就怕邓小平。这个“怕”并非害怕，而是在无可争辩的权威和纪律面前折服。邓小平在紧要关头，能正确地维护和运用权威，实行纪律，正说明他有很高的马克思主义的领导艺术。
