当今世界最著名的维也纳新年音乐会的诞生是非同寻常的，它开始于乐团晦暗的年代——1939年，当时在欧洲爆发的战争演化成了第二次世界大战。由于局势变化很快，在纳粹党青年组织 “希特勒青年团”负责人巴尔杜尔·冯·席拉赫的授意下克莱门斯·克劳斯与乐团举行了第一次维也纳新年音乐会。音乐会全部所得被全部捐给纳粹用于前线作战。
这场音乐会于1939年12月31日举行，30日举行了公开的排演。这次演出日后成了奥地利丰厚的文化传统的一部分。第一次真正意义上的新年音乐会是1941年1月1日的那次，指挥同样是克莱门斯·克劳斯。维也纳爱乐乐团的圆舞曲音乐会改在元旦上午举行 。
在战争年代，克劳斯掌管维也纳爱乐乐团的音乐会演出和爱乐乐团的私立学校，直至第二次世界大战结束。1945年1月，在战后艰难的岁月中，维也纳爱乐乐团依然忠诚于奥地利，1945年举行的新年音乐会在1月2日还加演了一场。1946年(约瑟夫·克里普斯指挥)，维也纳爱乐乐团的新年演出才被正式称作“新年音乐会”。
