中华民国-国立北京大学时期
民国初年（1912—1916）
1912年5月3日，京师大学堂更名为北京大学校，旋即冠“国立”，是中国历史上第一所冠名“国立”的大学，严复出任更名后的首任校长。
1914年，胡仁源任北京大学校长。此时已有黄侃、辜鸿铭、钱玄同、马叙伦、陶孟和、冯祖荀、何育杰、俞同奎等名家在北京大学任教。 [22-23]
五四运动前后（1916—1927）
1916年12月，蔡元培出任北京大学校长。1916年至1927年，蔡元培担任北大校长的这十年，被视为北京大学校史上的一段辉煌期，“奠定了北大的传统和精神”。
1917年1月9日，北京大学开学，蔡元培在开学典礼上发表演说，对学生提出“抱定宗旨”、“砥砺德行”、“敬爱师友”三点要求。他主张“大学者，研究高深学问者也”，“循思想自由原则、取兼容并包之义”，对北京大学进行了一系列的改革。他辞退了一批不称职的中国、外国教师，聘请陈独秀、夏元瑮分别出任文科、理科学长，聘请胡适、李大钊、鲁迅、刘半农、梁漱溟、李四光、王星拱、颜任光、钟观光、任鸿隽、李书华、丁西林、马寅初、陶孟和、陈启修、王世杰等到校任教。此期间在北京大学任教的著名学者还有黄节、吴梅、刘文典、陈垣、马裕藻、沈兼士、朱希祖、马衡、康心孚等。对有学术造诣、政治上守旧的辜鸿铭、刘师培、黄侃等人，蔡元培也用其所长。
蔡元培在北京大学推行教授治校、民主管理的制度。他设立了评议会，将其作为学校最高权力机关和立法机关，评议员由教授选出。后来，又在各学门（系）设立教授会。随后又设立北京大学行政会议、教务会议、总务处。
至1920年9月，北京大学教授治校的管理体制已经基本成熟。蔡元培倡导教育独立，认为官僚政客不应干涉教育，“我绝对不能再做不自由的大学校长”，为此几次辞去北京大学校长职务。
蔡元培力图将北大办成以文、理两科为重点的综合性大学，将商科并入法科，把工科并入北洋大学。蔡元培废除年级制，实施选科制，以发展学生个性，沟通文理。1917年，蔡元培在北京大学设立文、理、法三科研究所，培养研究生。这是中国高校最早的研究所。1918年，他创立《北京大学月报》，为中国最早的大学学报。蔡元培积极开展学术交流，邀请杜威、罗素、班乐卫、普朗克等名家到北大讲学。1919年，蔡元培撤销文、理、法科，学门不再隶属于科，并改学门为学系，设14个学系。1920年，北京大学允许3名女生进入文科旁听，并在同年秋天正式开始招收女学生，开中国公立大学男女同校之先。
1919年（民国八年）5月4日，“五四运动”爆发。北京大学等北京多
1919年竣工的北大红楼
五四运动后，北京大学教授李大钊率先在中国系统地接受、传播、实践马克思主义，北大成为中国研究与传播马克思主义的中心。1920年8月，陈独秀创建上海共产党小组。1920年10月，李大钊创立北京共产党小组。中共一大前，中国53名中共党员有21名是北大师生、校友。 [24]
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