散居在四面八方的玛雅人，好像接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求，辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。他们这种背弃文明，回归蒙昧的做法，是出于自愿，还是另有其他原因呢?
人们对此有着各种解释和猜测。譬如说：外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移，但是这些假设和猜测都不具备说服力。在当时的情况下，南美大陆根本不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，外族侵犯站不住脚。而那些玛雅人雄伟的建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨仍然完整，地震灾难说也可以排除。
有些人从部分祭司塑像被击毁，统治者宝座被推倒的现象上，做出内乱的推测。的确，内部战争在玛雅社会中存在过，但这种情况是局部的，只在个别地方和城市发生，而玛雅人的集体北迁却是全局性的。
还有人试图从生态角度解开玛雅人大迁移的谜，认为玛雅人采取了某种不恰当的耕种方法，破坏了森林，土地丧失等，造成生存困境被迫大迁移。可是不少学者发现，玛雅人在农业生产上却表现出颇为先进的迹象，他们很早就采取轮耕制，这样既保证了土地肥力不至丧失，又提高了生产效率。所以这个思路也行不通。
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