在1992年莫高窟由日本政府进行无偿援建，位于售票处对面，为半地下式博物馆，持莫高窟门票可以免费参观。主要展览包括莫高窟的考古发现、莫高窟的保护和研究历史、与国外研究机构的合作项目介绍等，敦煌石窟文物陈列展厅，展出敦煌石窟出土的文物精品，设有敦煌莫高窟的创建、敦煌壁画摹本珍品、画工绘制洞窟使用过的绘画工具、莫高窟发现的精美的古代丝织物、藏经洞发现的古代写本真迹、敦煌花砖艺术等陈列单元。它们从不同的侧面，反映了敦煌石窟的发展历史和丰富多彩的文物。国内的保护工作在1944年正式进行，1944年国立敦煌艺术研究所成立，常书鸿任所长，标志着敦煌莫高窟保护与研究工作的正式开始。2002年，《甘肃省敦煌莫高窟保护条例》被甘肃省人大常委会审议并通过，在2003年3月1日正式实施。2008年12月29日，总投资2.61亿元的莫高窟保护利用工程获国家发改委的批复立项开工，这是莫高窟文物保护史上规模最大、涉及面最广的一项综合性保护工程。该工程包括保护利用设施、崖体加固及栈道、风沙防护、安防等，中央预算内投资1.8亿多元，其余的资金由甘肃省来筹措。整个工程于2011年完工。
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