一个雨天，14岁的本田润一和舅舅在东京繁华街区的楼顶，看着人来人往，心中突然产生前所未有的变化——有许多人在他看不见的地方生活着，人类就像茫茫大海中的水分子，他只是其中之一。因为没有以自我为中心思考问题，他开始被舅舅称为“小哥白尼”。
当小哥白尼开始思考时，生活中的每一件事似乎都变得不简单了：为什么大家都欺负家境不好的同学？为什么不服从前辈制定的无礼规则就要被排挤？为什么约定好的事却难以付诸行动？
舅舅告诉小哥白尼，这不是他现阶段独有的困扰，贫富、歧视、欺凌、勇气……在将来的人生中，他将在不同的场合反复遇到这些重大的问题。为此，舅舅特意为小哥白尼准备了一个神奇的笔记本。
奇妙的事情真的在小哥白尼身上发生了。
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