第二年，科尔特斯卷土重来时，奇怪的事情在当地发生了：天花开始流传，比任何武器都迅猛地夺去阿兹特克人的性命，战争还没有怎么打，当地人已经死了近半，奇怪的是这种病竟然完全杀不死远道而来的这些西班牙白人。
同样的事情也发生在北美。在哥伦布到美洲以后的200年内，印第安人大约减少了95%。直到最近20来年，美国的科学家们才意识到，密西西比河河谷的许多大土堆曾是印第安人的城镇，直到哥伦布登陆美洲的时候还是一片兴旺的景象。当地人的消失，始于1492年欧洲人开始对密西西比河一带进行勘测。
不论早期路过的西班牙人，或者后来经过的法国人，都不一定能意识到自己究竟给当地带来过什么。现代的人类学家能列出一张清单，上面包括如下疾病：天花、麻疹、流行性感冒、白喉、疟疾、流行性腮腺炎、百日咳、黄热病、肺结核……尽管有那么多疾病从欧洲传播到了美洲，美洲却并没有演化出什么足以震慑欧洲人的流行病。
病菌们看起来好像特别喜欢从欧亚大陆向着新大陆旅行，通过喷嚏、咳嗽、溃疡或者腹泻等症状离开旧大陆的人类，悠游向新大陆上的下一片天地。只是，为什么新大陆却没有病菌能与旧大陆来的这些同类一较高下呢？
一个很好理解的理由是，很多病菌都是通过动物感染到人类的，譬如病毒大军中的新成员“艾滋病病毒”和“埃博拉病毒”。
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