化学渗透理论极端反直觉。这个术语原意是指呼吸作用逆着浓度梯度的方向，把质子推过一层薄膜。该理论的发现者米切尔说：我无法脱离环境来思考生命，必须认为二者是同一连续体中旗鼓相当的两相，二者之间的动态联系由膜来维持，膜即隔开生命与环境，又让它们紧密连接。这个思想本身比处理实际问题的化学渗透理论更富有哲学意味。但是今天这些思考显得不再新颖，我们早已知道这些观点是正确的，但是背后更深层的原因仍未知晓：为什么所有的活细胞都使用氧化还原反应作为自由能的来源？为什么所有细胞都使用跨膜的质子梯度保存这些自由能？更本质的问题是：为什么用电子？为什么用质子？
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