在我与二房东签租房协议时还需要有房东的签字确认吗

楼主的问题答案应当是确定的。
因为现在的房屋租赁合同，一般情况下须是房屋的使用权人或者所有权人与租赁方亲自签订，这样才可能避免不必要的纠纷发生。
像楼主说的二房东再次转手出租，如果没有与房东协商一致，或者房东与二房东签订租赁合同的时候有限制条件，就可能造成后来转手的租户利益受损。好像现在许多房屋租赁合同都约定租赁方不能转手再出租。
当然，如果房东在租出自己的房屋时已经约定租赁方可以转手再出租的，那就另当别论。只是这样的情况比较少。
建议楼主在协商的时候与真正的房东沟通一下为好。