学生在小学学习过自然地理的知识，例如“三山”“五岳”，经纬度等知识点，到了初中、高中自然地理依旧是地理学习的重要内容...

D

解析：

本题考查教材的编排形式。教材的编排形式包括：（1）纵向组织与横向组织；（2）直线式和螺旋式。其中，螺旋式教科书结构是指把同一课题内容按深度、广度的不同层次安排在教科书的不同阶段重复出现，使得每一次重复都将原有的知识、方法、经验进一步加深拓广，逐级深化。题干中，自然地理的知识从小学到初中、高中重复出现，且逐级深化，这种教材编排方式属于螺旋式。D项正确。

A项：纵向组织（垂直组织）是指按照知识的逻辑序列，从已知到未知、从具体到抽象等先后顺序组织安排课程内容。与题干不符，排除。

B项：横向组织（水平组织），是指打破学科的知识界限和传统的知识体系，按照学生发展的阶段，以学生发展阶段需要探索的社会和个人最关心的问题为依据，组织课程内容，构成一个个相对独立的内容专题。与题干不符，排除。

C项：直线式教科书结构，即把一门学科的课程内容或其中一个课题的内容按照知识本身的逻辑结构来展开呈现在教科书中，使各种知识在内容上均不重复。与题干不符，排除。

故正确答案为D。