单位在政府的交的保证金可以申请执行吗

可以申请执行。
企业的押金，大都是上缴国库，如果企业在某项工程退出不干，有其他企业中标，那么这些没有中标的企业的押金，是要由政府退还的。
如果一个企业中标，参与了的企业押金是不能在建设中退还的。只有在企业把工程建好，政府验收合格后，政府才能把企业的押金退还。