我不同意你、但我支持你。是什么哲学意义？

总觉得你的表述不够严谨和准确。姑且勉力论之。
同不同意的问题，完全是一个主观的问题，它取决于主体的思想观点，这与客观的正确与否没有必然的联系。每个人，都有自己的思想，都可以做出自己的判断，这体现出观点的特殊性，也是个人思想、观点自由的体现。
支不支持的问题，在很多场合，不仅仅是主观的问题，更是主观与客观结合的问题。会涉及到很多旁伸的问题。比如：人格平等（法律问题）、尊重他人（道德问题）等等。支持与不支持，可以有不同的处理方式，至于这涉不涉及自己的观点，就要视情况而定了。
“我支持你”似乎包含着一些矛盾的观点，感觉这里表述不准确。翼轻寒引用的文字，倒还可以说在逻辑上相对而言比较准确。因为，很多场合下的“我支持你”，就含有“我同意你”的意思。不过，看你的意思，似乎是默认了它们有不同之处，并且，不相互矛盾。

“不同意”基于事实，“支持你”基于价值（思想），即“知行不一”。