魔法禁书目录和某科学的超电磁炮该先看哪个

其实都可以的，超电磁炮是魔禁的番外之一，单独看也可以看懂啦。

都无所谓
虽然超电磁炮是外传，但是和魔禁并没有太多重叠部分，就是在超电磁炮里没有交代上条当麻的身份与能力，所以他的出现有些突兀，不过如果去做些功课的话就会弄懂，说实话因为上条当麻在魔禁里的戏份不多，所以弄不弄明白也无所谓。
超电磁炮本质上就是把魔禁里克隆御坂的这一情节放大了讲，所以整体感比较强，而魔禁的剧情非常细碎而且人际关系复杂，设定抽象不容易理解，而超电磁炮就比较好理解，就这点而言我甚至不推荐去看魔禁。