微生物在整个生物界的分类地位，无论是五界系统，还是三域系统，微生物都占

　　林奈氏分类系统（Linnaean）--- 生物的双命名姿隐扰法，保证物种分类的科学性
生物分类学中普遍接受的系统分类为：
生物最高分类为"域"
有三域五界（细菌域，古细菌域，真核生物域，原核生物界，原生生物界，真菌界，动物界，植物界）最为普遍
不迹旦过在微生物学里面还有一个域是“非细胞生物域”病携空毒，类病毒和拟病毒属于此域。