巴黎大学形成于十二世纪上半叶。1200年，法兰西国王腓力二世颁布诏书，批准了巴黎大学的成立。巴黎大学集中了来自欧洲各地的求学者。甚至有个时期，巴黎大学的学生达到五万多人。巴黎大学的成员不仅有学生和教师，而且还有为学校服务的人，如书铺老板、送信人、药商、旅店老板等，都属于大学的成员。教师则根据他们的专长和执教能力，分别组成不同的团体，它相当于现代大学中的“系”。各系中选出的“首席”，就是后来“系主任”的前身。
当时，巴黎大学设有四个学科：文艺、医学、法律和神学。文艺学科是初级科，学生要学习“七艺”。包括拉丁语、逻辑学、几何、修辞学、天文学、算术以及音乐。
读文艺学科的人数最多，毕业后可以得到学士学位。其他三个学科是高级科，初级科毕业的学生才有资格升入高级科，读完后可以获得硕士学位。巴黎大学与其他大学一样，各科的学习年限较长，文艺科一般要学五至七年。其他三科，每一科也要学习五至七年。
早期的巴黎大学有一位很有名望的教师，名叫阿贝拉尔。阿贝拉尔常常提出一些有争议的观点，从而得罪了当局。
当他被禁止在法国土地上从事教学活动时，他就爬上一棵树，学生们簇拥在树下听他上课；当他后来又被禁止在空中上课时，他开始在船上讲课，学生们则聚集在岸上听他讲课。由于他声誉卓著，欧洲各国的学生都慕名前来听课，同样也吸引了各地的教师来巴黎大学执教。
巴黎大学创立初期，学校内具有很浓厚的民主气氛。学生和教师之间的关系都是相当民主的，享有同等权利，学生和教师共同选举大学校长。学校由校长领导，不受任何上级管辖。这种大学自治的特点，恰恰表现了它是城市市民反抗封建教会斗争的产物。
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