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神依附形而存，形为‘’神明之宅‘’，但这宅在何处？神到底是何脏藏、所藏所主？关于这个问题，祖国医学目前尚存两种不同学说的争论。以《内经》为代表的“心神说”认为‘’心者君主之官，神明出焉‘’。受其影响，《内经》以后正统提法都是如此，甚至当今的中医基础学教材也一直沿用此学说。这种学说的产生，有人认为可能和当时人们对脑的认识不足有关。但是据《内经》记载，那时就已经认识到了神与脑的关系。《素问.脉要精微论》说：“头者精明之府，头倾视深，精神将夺矣”。《灵枢.海论》说：“脑为髓之海，……髓海不足，则脑转耳鸣，胫痠眩首，目无所见，懈怠安卧”。这里不仅明确的提出了脑髓，而且也认为视觉、听觉、平衡觉等人身之神的功能活动，直接关系于脑髓。
《内经》以后随着社会实践医疗实践的发展，人们对神，尤其是对精神意识思维活动的心理之神与脑约关系的认识也不断深化。唐.孙思邈《千金要方》说：‘’头者，人之元首‘’。道教的著作中，对此的论述更为详尽。元.赵友钦《金丹正理》说：“头有九宫，上应九天，中间一宫，谓之泥丸，又曰黄庭，又名昆仑，又谓天谷，……乃元神所住之宫，……神存则生，神去则死，曰则接于物，夜则接于梦”。又说：“天谷，元宫也，乃元神之室，灵性之所存，是神之要也”。明代李时珍则明确的提出‘’脑为元神之府‘’的见解；清代汇通学派的诸家在西方医学的影响之下，更进一步的提出了‘’脑主记忆说‘’、“强记健忘由脑说”、“灵机记性在脑说”、“脑散动觉之气说”等。特别是时至今日，人们对脑髓的认识更加普及、更加深化，从形态学角度来看，神明为脑髓所主已成定论。
然而，心神说是否被脑髓说完全取代，而失去其存在的意义呢？就目前的科学发展水平来看，不仅不能做出这样的结论，相反却提供了进一步深入探讨心神说的很多宝贵线索。脑是神经系统的中枢，是心理活动的物质基础，这一点虽己无人否认，但是心脏直接参与机体神经内分泌调节的作用，也已经得到了现代科学研究的证实，人们对心脏的奥秘还远没有揭开，西方医学对心脏的传统认识，必须要进行彻底的革命。心脏不仅是‘’血脉之心‘’还有可能确实是‘’神明之心‘’。更何况中医学所说的心是指藏象之心的概念，并不同于解剖学之心那样的局限和具体。“心主神明”的重要意义，主要在于强调心理生理统一观。中医学的脏象学说，并不是把它作为解剖的实体来看，而是立足于整体观，把它看作是机体各脏腑功能系统的某种类型的存在形式，所以没有简单地把神明归纳为脑髓的机能，这也是中医心理学的特色之一。
“心神说”与“脑髓说”二者之间，在理论上，只不过是在‘’神‘’附的‘’形‘’这一点上有所分歧，而‘’神为生命之主‘’这一基本观点还是一致的。由于‘’心主神明论‘’不仅很好的解释了，人体复杂生理活动的整合控制、心理活动的有序进行，而更重要的是突出出了心理和生理的统一，因此这一在整体观思想指导下，以脏象为基础所形成的假说，在中医长期临床实践中发挥了很好的防治疾病的实际效果。至于如何用现代科学方法去研究，那是，我们今天乃至以后长期的工作。
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