正念冥想与专注冥想在利用专注力的模式上有着本质的区别，一种是专注于“抽离感”和保持意识停留于当下；而另一种则是“驯服感”，当它走远了，就把它拉回来。中文里“正念”一词更为强调“正”这一个字，有点“正在”（活在当下）、“公正”（傍观者视角和接纳不加以评判）的含义。而英文正念一词“Mindfulness”，则更加强调了一种“顾及和思考（mindful）”或“有意识的觉知（awareness）”的含义。
在正念冥想中，我们寻找的是一种“柔和的专注力”，也就是脑电图频段中的西塔脑波（Theta），更准确地说是额叶区额中线区域（Frontal midline）的Theta波含量。另外，与第一类专注冥想一样，我们也要考虑Theta波的源头是内在还是外在的，因此，我们经常还要考虑枕叶区是否被激活，Gamma等高频波段是否减少等因素。
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