康杜伊特形容老年的牛顿展现出“一种朴实和单纯”，又说“上帝保佑他健康又快乐”。但即使是知识的巨人也仍是血肉之躯，当牛顿步入他的第9个10年时，他开始得了一连串的病，这使他的身体十分衰弱。接近1722年年底之时，牛顿的病况愈加严重，而1723年的头三个月里，他仅能出席两次皇家学会的会议了。在著名的学会医师米德和切泽尔登两位的协助诊治之下，牛顿很快就被确诊患有括约肌松弛病，这使他便溺失禁，尤其是在运动过后。后来他又患了肾结石的毛病，健康更趋恶化，这终于迫使他平常都要使用巴斯椅。但是据康杜伊特说，他的固执性格常常使他不肯听从医师的规劝，坚持要尽可能地走路。他的外甥女婿说，牛顿认为“用脚，才有脚”。
到1724年，牛顿的健康已经恶化到不能执行造币厂的任务了，他只好把大部分工作转交到康杜伊特的手上。皇家学会主席的日常职责，也因他只能间断出席、主持会议，而大多由副主席福克斯接管。牛顿为他自己已经不能紧握权力而生气，在他不得不搬往空气较清爽的伦敦西郊肯辛顿的乡下居住时，他往往会找一些借口长途跋涉进城。他通常不预先通知就亲临造币厂和皇家学会，然后在别人的搀扶之下，缓缓地巡视他的老属地，或坐着轮椅被推进学会的理事会议中，要不就坐在他的巴斯椅里待在伦敦塔的压铸工厂。1727年年初，也就是牛顿去世之前的几个星期，在一次这类临时决定的巡视中，康杜伊特陪同他到莱斯特广场的旧宅中烧毁一大堆文件。康杜伊特后来在回忆这件事时，形容烧了“一箱箱资料”。正统的历史学家声称，那一箱箱文件不过是造币厂公文的一些副本，或是一些会议记录、账单和收条而已。但一个很明显的问题是：那些被焚毁的东西里，有没有更重要的文件？
我们检视牛顿的文稿时，常常看到单独的某一种文件会有20~30份草稿留传下来，我们不免产生一个疑问，牛顿到底是以什么标准来决定文件不予保留而加以烧毁的？被烧毁的文件也有可能是与家人间的往来书信，但事实上，牛顿很少保留和他家族亲人之间的信件，他一生中任何时期的家书都极少遗留下来：他母亲给他的信保存下来的只有一封，或许她还给牛顿写过另外一些信，但经过漫长的三个半世纪，它们很可能就这样遗失了。牛顿与凯瑟琳之间也极少有书信往来，说来可能叫人奇怪，但是想想她与牛顿住在同一个屋檐下长达20年，这也就没什么令人诧异的了。若再深入一点儿思考，若牛顿果真焚毁的是自己的家书，那么保存那些对他的形象十分不利的与弗拉姆斯蒂德相互指责的信函，便是很奇怪的事了。
我们大概永远不会知道烧毁的文件到底是些什么，但那一把火却可能使我们看见了牛顿的秘密。那一天在场的还有牛顿的另一个朋友库瑞尔，他是个索齐尼教徒，他从欧洲逃亡到英国，不久之前牛顿还给过他金钱上的援助。虽然康杜伊特不愿说明那许多箱被焚文件的内容，但在焚纸事件过了几个月之后，也就是1727年7月，库瑞尔写信给一个名叫德拉克罗兹的朋友，特别提起被焚的文件中包括一些文稿。然而牛顿把他从事炼金术、研究年代学和《圣经》预言等这类破除因袭的研究资料留传给我们，却要毁弃某类文稿，实在是让人难以理解的事。如果他真的欲烧毁一些文件，那么这些东西必定是他对炼金术的更极端的见解。还有一个牛顿的文献中关于崇拜的问题，焚纸事件可能蕴涵一些线索，使我们得出这个结论。牛顿是否不只从事炼金术，还走上了更远、更危险的路径，即我们今天视为纯魔法、纯异教之路？他是否涉身于所谓的“妖术”之中？
牛顿在1693年曾精神崩溃，虽然时间很短暂，但如同我们看到的，那次经历其实相当严重，那使他虚脱了几个星期。过了三年，他把科学研究和炼金术实验一齐放弃。传统学者对牛顿精神崩溃的原因有意见分歧，从化学中毒到无力创立统一场论以致情绪不宁等各种解释都有，当然与法蒂奥的关系破裂所引起的情绪失衡，也可能导致了他的崩溃。
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