牛顿与法蒂奥在剑桥大学的时候，必定一起做过炼金术实验。1692年法蒂奥生病时，他们俩的通信就提到过，他们急于保护一些累积的资料，或者一套具备实质结果的文件，还提到他们俩共同参与的实验和炼金参考文献，以及对《圣经》预言的探讨。例如，法蒂奥在1693年5月他们最后分手前的几个星期，写了一封信来描述他称之为“矿树”的制造方法，那大概是由几种金属和无机化合物合成的特殊混合物，在正确的条件下，会像扭曲的树枝或树干的形状。法蒂奥在信中说：将这些材料放在密封的空蛋壳里，置于热沙之中，就可见到它逐渐鼓胀起来，然后蹦开、变黑，于7天之内历经各样点金石的颜色。过了这种转变之后，从那物体内会长出一堆树枝来……就这样，一个生命与一个酵素便蕴含在那混合物内。
牛顿与法蒂奥的亲密关系结束多年之后，法蒂奥参加了极端神秘的“法国先知”团体，最后以穷困潦倒和近乎疯癫的晚年过完了他的一生。如果我们说在他们的关系瓦解之前，法蒂奥企图鼓动牛顿用他超人的智慧去探究妖术，这样的联想是否合理呢？法蒂奥的所有过错，都归咎于他拥有一股冒险的精神，这导致他一生太容易接受各种极端意识。我们可以有根据地指出他也是一位易被欺骗的人，但他也确实是个有才能和魅力的高级知识分子，他和牛顿一样认为追求知识是他们的责任。法蒂奥可能更有意愿挣脱正统宗教的枷锁，而牛顿则是在时机合宜时，破除了传统和宗教的桎梏。
年轻时的牛顿由于内心深处的需求，摒除了“三位一体”的教义，接着他表现出一位优秀科学家的样子，能够不去理会已被大众接受的与宇宙本质有关的教条，并且做出了伟大的发现。稍后，当时机与他的雄心恰巧配合时，牛顿对于他的好友和他最钟爱的亲人成为情侣一事，故作不知；当他和造币厂的助手需要乔装以缉捕剪钱犯和伪币犯时，他也能够收起他的道德洁癖，与赌徒及酒鬼厮混。牛顿还有撒谎的本领，就像在他与莱布尼茨的争执中，至少在某个重要场合里曾经如此。然而，牛顿的内心隐藏着一种危险的不和谐心态，他有强烈的欲望去发现（或许他自己认为是重新发现）和尝试任何途径，以寻觅更多的知识。但对于与他具有相似理念的法蒂奥所鼓励的险路，他仍不免觉得太过极端，这与他的清教徒信仰有所冲突。教皇是魔鬼的化身，阿里乌教徒才是真正的基督徒这一点，仍有待考虑，而要同时跨越基督教和自然哲学的极限，以异端和妖术来从事实验，那就是更难踏出的步子了。
牛顿不相信妖魔鬼怪，但他似乎觉察到人类心中有一股邪恶的力量，甚至也可能体会出宗教仪式的潜力。并不是说宗教仪式可以招来妖魔鬼怪，而是这种动作可以集中能量，这与炼金术中的膜拜等仪式不可不谓有几分相似。世代相传的炼金术士即使未必完全明白，对于仪式能使超自然能量集中的观念也了然于胸。法蒂奥有可能看到牛顿因无法完成统一场论的解释而失望，便尝试说服他另起炉灶，探索一条可能通往重新发现的途径，同时也看看他能否学到一点儿新的东西。如果确实如此，那么牛顿心里产生的压力，可能会比任何由同性恋情感，或害怕自己异教徒言行曝光而产生的心里负荷强得多。会不会是这种紧张情绪，把牛顿推向了暂时性的精神错乱呢？这又让我们回到1727年年初焚烧文件这件事上头。那被焚烧的一箱又一箱文件，可能不过是无聊的账单和琐碎的公文副本罢了，不过也有可能是牛顿与法蒂奥共同合作的一些较为偏激的实验记录。正统的解释无法回答焚纸事件里的两个困难问题：为什么要在那个特定时间焚烧造币厂的文件？为什么要亲自监督焚烧过程？
从不同的方向思考，可为这两个问题提供部分解答。时间的选择十分重要，显然牛顿对那些资料一向非常敏感，他自知死期日渐接近，为保护身后的名誉，他才坚持亲自监督烧个干净。况且，又有谁比康杜伊特和库瑞尔更令他信任能去执行这项工作的呢？任何受过科学训练的人，只要在这些文稿被点燃之前瞄上一眼，大概都会感到好奇，但康杜伊特比不上哈雷及斯蒂克利那群忠诚死士，其科学素养不足，而库瑞尔更是和牛顿一样是个异教徒，只不过据我们所知他不是炼金术士。牛顿有许多事情需要隐瞒，这两位助手不会对此事造成什么威胁。
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