益生菌是从有益宿主健康出发给出的定义，目前研究较热的益生菌有：双歧杆菌、乳杆菌、芽孢杆菌、丁酸梭菌等，其中双歧杆菌、乳杆菌和芽孢杆菌都属于乳酸菌类，因此益生菌包括了部分乳酸菌，而乳酸菌不全是益生菌。
益生菌的四种菌种：目前常用的益生菌种类主要有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌、光合细菌等几大类。
乳酸菌一般是指能发酵糖，主要生成乳酸的细菌的总称。乳酸菌是从发酵糖产生乳酸的机理方面考虑给出的概念，对人类生活有益的乳酸菌有：双歧杆菌、乳杆菌、链球菌、明串珠菌等。并不是所有的乳酸菌都有益于人类健康，也有一些乳酸菌对人体是有害的，如有害的利斯特氏菌。在谈论乳酸菌时应该注意二个方面：乳酸菌是一种细菌；能发酵糖类生成乳酸。
益生菌的作用
（1）产生重要的营养物质。
（2）帮助营养物质的消化吸收。
（3）预防和治疗某些疾病，如肠道综合症、呼吸道感染、过敏、口臭、胃溃疡等。
（4）抵抗细菌病毒的感染，提升免疫通过三大步骤，益生菌可清除有害菌对身体的伤害：抑制有害菌的生长;益生菌通过产生杀灭有害菌的化学物质，及与有害菌竞争空间和资源而遏制它们的生长；抑制有害菌产生毒素；清除有害菌产生的毒素，如：凝结芽孢杆菌。
（5）保健功能：改善制品风味，提高蛋白质、脂类和维生素等的代谢；调节肠道功能；降胆固醇抗高血压功能；增强免疫力;抗癌、抗肿瘤作用。
（6）其他作用：益生菌对人体的生理活性还包括缓解乳糖不耐症；防止有害物质产生、延缓人体衰老；促进生殖泌尿系统健康；抑制有害菌、防止腹泻；抗高血压、减少心血管疾病的发病率；降低与酒精中毒性肝病相关的内毒素的作用等等，这些作用到现在都得到了不同程度证实和临床验证。
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