根据粗略的统计，《永乐大典》所采择与保存的古代典籍数量，是前代《太平御览》《艺文类聚》《册府元龟》等同类书籍的五六倍，就算是清代所编纂的大型丛书《四库全书》，其收书量也不过仅有 3000余种。
另外，《永乐大典》的抄写也十分讲究，采用的是上等的白宣纸，并且印有朱丝栏。朱丝栏是什么，是中国传统的一种装饰手法,它是由朱砂色的细木条及丝线组成的。朱丝栏的特点是华丽、精美,是中国古代重要装饰元素之一。而《永乐大典》每半页为八行，大字独占一行，小字则抄成双行，且每行有二十八字。每册书长 50.3厘米，宽30厘米，厚2厘米左右，约有五十页。主要是二卷一册的，也有一卷一册或三卷一册的。另外，书面硬裱，以黄绢包裹，显得十分庄重朴实。封面的左上，签题有“永乐大典”四个大字。
由此可见，《永乐大典》的篇幅之庞大，搜罗之广泛，书写之工整，装潢之精湛，实在是世上罕见的珍品。
《永乐大典》编成之后，原稿与正本被珍藏在了南京的文渊阁内。1421年，也就是永乐十九年，永乐帝迁都城于北京，《永乐大典》的正本也因此被移送到了北京，最初深藏于宫城内的文昭阁中，但《永乐大典》的原稿仍被存放在了南京的文渊阁。1449年，即正统十四年，原稿毁于宫中的一场火灾之中。
根据 《明实录》记载：弘治时期，明孝宗朱祐樘曾经有过查阅，他命人将其所搜集的药物、禁方抄出送至御药房，并且还亲自抄录书籍中的一些金匮秘方赐予太医院使用。
1557年，也就是嘉靖三十六年，宫廷内部再起火灾，并危及文楼。由于世宗皇帝“好古礼文”，因此对《永乐大典》十分看重。在得知火灾危及《永乐大典》的安全后，一连下达三四道谕旨。最终，因抢救及时，《永乐大典》幸免于难。为防不测，世宗皇帝决定抄写《永乐大典》的副本进行保存。
1562 年秋天，《永乐大典》的重录工作由礼部侍郎高拱等人总理负责，历时六年，终于宣告完成。副本的字体格式、装帧规格皆仿照永乐抄本。自此，《永乐大典》才有了正副两部书。后来，随着明朝的覆灭，正本的下落也成了难解的谜团。学术界普遍认为，《永乐大典》的正本应是毀于明清之际的战火，极有可能毁于李自成的纵火焚烧。另外，也有部分学者认为可能是随葬在永陵之中。
嘉靖副本成为《永乐大典》的唯一副本，先是被珍藏在皇史宬中，清雍正年间，又被转移到了翰林院的敬一亭。由于不再作为皇室的私人收藏，《永乐大典》在后来的岁月中，逐渐被一些官员监守自盗，以惊人的速度流散了出去。
1894 年，也就是光绪二十年，《永乐大典》仅仅剩下 800余册，其余数卷皆被瀚林学士盗走。据记载，光绪年间，翰林侍读文廷式，竟独自一人盗走百余册。文廷式死后，他的后人又将这些珍贵的典籍出售给了洋人或古董商。就这样，《永乐大典》悉数流散于民间，甚至是海外。
1860 年，英法联军攻入北京，他们对翰林院中的藏书肆意焚烧掠取。1900年，八国联军侵占北京，翰林院更是成为他们的目标。存放《永乐大典》的敬一亭被毁，大部分藏书被兵火焚毁，其余皆散落于瓦砾间。
1912年，仅存的60多册《永乐大典》被藏入京师图书馆。1934年，经过多方的收集、补充，馆藏大典数量增加到了 93册。迄今为止，通过政府拨交、国内外赠送、民间采访等多种渠道，国家图书馆的入藏数量已增加到了 221册。
目前，《永乐大典》的残本散落于英、美、德、日等世界各国近三十个不同的单位中，大约有380册，还不足嘉靖副本的 4%。
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