我想问一下密宗师父双手握着大拇指的手印是哪位佛菩萨的？

是2个手的大拇指各自被握起来吗？是这个的话就是金刚拳印，金刚拳印是护身的印，打坐的时候如果人的气机发动了，会有一些不受自己控制的瑜动是正常现象，但是不要执着与这个。建议你打坐可以参考一下天台宗六妙门的数息观，坐起来是各个宗教的通法，但是坐起来，心做什么，就是不同的心法了。数息观就是把思想集中在呼吸上，观察呼吸的节奏，并且计数，不执着与外在的动了什么的，具体的修行法门，建议你到你们本地的寺庙找一个出家人请教，不要自己盲目的修行，网络上的东西不全，而且出家人每天3-5点钟就起来修行早课，辛苦修行几十年，你遇到的问题，他们都经历过，多接触，多请教，肯定是会事半功倍的。自己修容易走弯路，跟出家师父学，把你领进门，然后自己在努力修行最好。