请问我应该如何是好？

因为两人平时没有什么交流，现在一来就是向他提意见，是我我也会不好意思开口。
这样吧，你找一件小事请他帮忙。任何小事都可以。当他帮完以后，你要诚心诚意地对他说谢谢，让他感觉你也是一个很真诚的人。然后告诉他，以前你因为没有怎么跟他说过话，不太了解，现在坐在一起才知道原来他是这么热心肠的人。话题要自己随性掌握，尽量引导到你现在的问题上来。
你可以微笑着说：哦，还有一点小问题，我不太习惯摇板凳，你可以尽量少摇吗？如果你是女生，还可以稍稍撒一下娇。
你可以依据自己的情况再组织一下语言，相信你的同学也是知书达理的好学生，会改正他的习惯地。相信自己，自己只要诚心诚意，一定可以成功。就算不成功，自己也和平提出过意见了，可以再寻找其他的方法。相信自己，祝你成功！