在惠斯顿及法蒂奥这两桩不名誉事件中，无可否认地，牛顿的反应有种让人替他代罪的感觉，这种迹象并不陌生，因为我们常常见到，与他接近的人会自愿跳向火坑。我们从这些事件可以想到，牛顿一生的大部分时间都走在社会的钢丝上，那不仅是心理偏激所造成的，也不单纯如拉姆齐所说的“如法蒂奥一样被先知感染”。牛顿有很多真正的敌人，其中确实有人怀疑他的兴趣所在，也很乐意将这位杰出的皇家学会主席的秘密暴露出来，让公众对他进行无情的指责。赫恩，那位在“法国先知”风光日子过后不久即强烈批评法蒂奥的古物学家，曾隐约提出他所知的关于牛顿的秘密，不过也是到牛顿死后，他才公开：“艾萨克爵士虽然是位伟大的科学家，却是个缺乏信仰的人，是那个年代中曲解教义之徒中的佼佼者。”
在一次皇家学会的争执之中，牛顿指责弗拉姆斯蒂德说他是个无神论者，其后这位皇室天文学家愤怒地在日记中写道：“我从来没有那样说过，不过我知道别人是怎样批评他在《光学》中的那一段话的，那段话似乎有那种意思……但我希望他完全不是（无神论者）。”弗拉姆斯蒂德所指的那一段话，是书中第28项质疑的结论，其中牛顿说无尽的空间是“上帝的感觉中枢”。牛顿认为那样说是将大自然添加一些神圣，但是别人则曲解牛顿暗喻上帝并非全能，需要一些感觉器官来协助他了解事物。牛顿的另一个敌人是莱布尼茨，他怀疑牛顿所有的重力观念，讥笑它为“更甚于罗马天主教教徒的神学在英国重生，并且是学究式的哲学，因为牛顿先生和他的信徒，用引力的概念使学府的秘术本质获得了重生”。
关于牛顿的非正统宗教信仰，虽然没有人公开指控，背地里却是谣言不断，那是因为他与法蒂奥、惠斯顿和克拉克等异议者有众人皆知的密切关系。1719年，有一份作者不详的阿里乌信徒小册子《伟大的亚塔纳修派历史》，许多人以为那是牛顿写的，但是真正与他接近的人都不会这么想，因为皇家学会的主席不可能冒险发表那种文章。事实上，我们知道牛顿必然刻意、小心地改善被抹黑的形象，尤其在他有生之年，若有人要打击他的名誉，他更是会全力反击的。所以，他才会越步入年迈越表现出独裁的作风。牛顿在哲学界的声望日隆，他对皇家学会的控制则越来越严酷，如此产生的效应有正面的，也有反面的。《光学》的出版及伴随而来的学会复兴，都是牛顿带来的正面效应，但这却也造成他身为主席的专制态度，由此引发了一连串争执。自18世纪初期，一直到牛顿死前共约30年，他的生活完全被路线斗争和狠毒的相互攻讦填满了。
他的专制很快就在皇家学会里显现出来。他提拔亲信朋友，压制不受他青睐的院士，这使得他在担任主席的短短几年间，将决策机构的理事会完全控制，几乎整个理事会的成员都听命于他一人，很少有人能够勇于提出自己的意见。其中敢说话的一个就是弗拉姆斯蒂德，他在描述牛顿如何操控时说：“牛顿爵士晓得大家都懂他的意思了。”牛顿提拔人的权力，也延伸到皇家学会的所在地格雷沙姆学院以外。1704年，哈雷（曾经在切斯特造币厂吃过两年苦头）因为全力促成《原理》的出版及发行，终于获得了应有的报酬，由牛顿发出一道命令而受聘为牛津大学的萨维尔几何学讲座教授。弗拉姆斯蒂德瞧不起哈雷，兜着圈子指评他说：“艾萨克·牛顿爵士偏爱哈雷，而这使得皇家学会陷入混乱之中。”
牛顿即使知道弗拉姆斯蒂德的意思，也丝毫不予理会。两年之后，剑桥大学设置新的普鲁米安教授讲席，章程的大部分是依照牛顿的意思拟订的。剑桥大学接着就把讲席授予年轻的数学家科茨，科茨后来担任第二版《原理》的编辑。牛顿的其余一些追随者也纷纷得到了很好的职务：三一学院的研究员佩吉特被任命为基督公学（伦敦一家知名的慈善学校）数学学院院长，格雷果里被聘为牛津大学的萨维尔天文学讲座教授。他们都得到了牛顿的推荐。这样提拔年轻追随者的做法，被牛顿视为职权的一部分，而近代的任何高级官吏也都不会例外，如果牛顿不使用这项权力倒是件不正常的事，所以并没有人认为此举不妥。引人注意的是，牛顿在皇家学会内部表现的强悍个性和他的操控方式，既招来了赞赏，也招来了批评。
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