“四·一二”反革命政变后，国民党展开了一系列清党活动。在这段时期，白色恐怖逐步蔓延至舟山，舟山地方党组织经历了一段艰难的历程。
1927年4月12日，蒋介石在上海发动反革命政变。在此前后，国民党开始清党。宁波市总工会被烧毁，国民党右派也趁机反扑，舟山地方党组织又将面临怎样的困局呢？
4月18日，国民党右派张晓耕、魏天泽等带人冲击国民党定海县党部，抢走国民党定海县党部的印信和档案，并在都神殿召开清党大会。5月4日，国民党宁波防守司令部在《时事公报》上刊发对国民党定海县党部内国民党左派人士和共产党员的通缉令。舟山国民党右派随即开始大肆捕杀共产党员以及工农运动的领导人。定海独支遭到破坏，顾我、金志成等人被迫转移，马荷仙、陈素心以及岱山盐民领袖王仁林被捕。王仁林被捕后，数百名茶前山盐民协会会员冲进警察所，要求当局放人。在盐民的一致抗议下，王仁林获保释，不幸的是，1928年底再次被捕，后于1930年在国民党浙江陆军监狱英勇就义。这期间，舟山的工农渔盐运动受到了巨大的挫折，定海独支遭到了严重破坏。
1927年6月，中共宁波地委书记王嘉谟派张雪痕到定海寻找同志、恢复组织。张雪痕到定海后，以申义小学教师身份作为掩护进行活动。经过联络，张雪痕联系上卓祥洪等人，并按照宁波地委的指示，迅速对定海独支进行了重建。
1927年8月，国民党浙江省党部改组委员会指定张仲孝等7人组成定海县党部改组委员会，并设立清党办事处，在舟山再次开展清党。定海独支设在定海德兴客栈内的联络点遭国民党搜查破坏，定海独支的印章、资料、书籍等全部被査抄。张雪痕闻讯后转移至上海。中共舟山党的工作暂由卓祥洪负责。
1927年11月6日，中共浙江省委机关遭到严重破坏。国民党当局在全省开展大搜捕，定海独支遭到严重破坏后，舟山党组织的活动因此被迫停止十年之久。但在这十年里，舟山人民自发反抗国民党反动统治的斗争却始终没有停止过。
1930年1月，六横出现群众暴动，国民党定海县县长吴椿得到消息后，立即率警察前往六横弹压，但愤怒的群众奋起反抗。吴椿回到定海后，向县行政督专署报告，诬称六横农民“聚众暴乱”，国民党当局随即开展镇压，大肆逮捕暴动农民，胡大宝等11人惨死于狱中。
1935年前后，国民党盐务当局不断增加盐税，盐民有苦难言。7月，岱山盐民召开紧急会议，发动全岱山盐民抗板罢晒，以迫使当局妥协。随后，还通过游行示威等方式进行反抗，遭到反动盐警阻截，双方发生冲突。盐警开枪打死打伤数人，游行群众抬着遇难者的尸体将岱山秤放局包围。当天下午，在外地渔民的支援下，渔盐民占领了岱山秤放局。
除了渔盐民的奋起反抗外，舟山的学生也在九一八事变后迅速组织起来，成立中等学校救亡委员会，并走上街演讲，演出自编抗日剧及爱国主义传统剧目，组织募捐以支援前方将士，发起抵制日货活动。
七七事变后，抗日战争全面爆发。舟山学生先后组织抗日宣传队，深入舟山城市乡村各个角落，爱国救国思想在这段时间被广泛宣扬。
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