战争年代，罗瑞卿曾长期担任林彪的下级，林彪任红一军团军团长时，罗瑞卿是军团保卫局长，林彪担任“抗大”校长时，罗瑞卿是学校的教育长，两人的关系一直很融洽。1959年，林彪出任国防部长、主持军委日常工作后，在他的建议下，罗瑞卿出任军委秘书长兼总参谋长。
林彪主持军委日常工作后，为了夺取更大的权力，开始拉山头结党营私，他要求部属对他绝对效忠，但罗瑞卿为人耿直，并不愿受林彪的拉拢，两人之间的关系很快发生了变化。
1961年底，罗瑞卿首先和林彪的妻子叶群发生了一次正面冲突。因为中央决定在1962年1月召开扩大的工作会议，林彪将在会上发言，罗瑞卿作为军委秘书长，奉命组织一个班子为林彪起草发言稿，但发言稿完成后，时任林彪办公室主任的叶群却说：
稿子还存在不足，“毛泽东思想是在党和人民集体奋斗中形成的”这句话意思不完备，应该加上“毛泽东同志的个人天才”这几个字。
罗瑞卿却表示反对，他说：“现在已经不再提个人天才了呀！”
叶群却坚持说：“个人天才，斯大林逝世后，苏联才不提了，斯大林时代还是提的，现在对毛主席，在中国和在全世界，都可以这样提。”
两人各不相让，争执不下，最终发言稿定稿时，罗瑞卿仍然坚持不加“个人天才”的字样。林彪看到发言稿后，很不高兴，最后没有用这个稿子。
1962年秋天，林彪称自己累病了，需要休息，于是毛泽东决定，林彪养病期间，军委的日常工作由贺龙主持，毛泽东还叮嘱罗瑞卿，要多向贺龙请示汇报工作。就这样，罗瑞卿和贺龙的交往多了起来，这让林彪有了一种大权旁落的感觉，他自然是十分不满。
有一次，林彪阴阳怪气地对罗瑞卿说：
我们的威信不够吧？因为我们不是南昌暴动的领导人。
后来叶群也多次给罗瑞卿打电话，对他进行旁敲侧击：“总长啊，我们这里是个病人，又不会陪你钓鱼、打牌，你还是多来些吧！”
不久以后，林彪从外地休养完回到北京，他一到家，就让秘书打电话叫罗瑞卿马上来见他。当时罗瑞卿正在参加一个会议，军委的其他首长也在场，他于是回话说：“我散了会马上就去。”
不料林彪却因此大发脾气，他不仅把桌子拍得震天响，把电话摔在地下，还在电话备忘录的卡片上写道：
大捧别人，大跟别人，回京后根本不来见面——让他做绝。
1964年8月，美国借口军舰在北部湾遇袭，派军机轰炸越南北方，这就是著名的“北部湾事件”，不久以后，美国直接出兵越南战场，战火烧向了中国的南大门。对于美国在越南大打出手，罗瑞卿主张认真备战，抓紧军事训练。
林彪却对罗瑞卿的主张不以为然，他说：“为了歼灭敌人，必须采取诱敌深入的方针，主动地有计划地放弃一些城市和地方，把敌人放进来打。只有把敌人放进来，人民才能用各种各样的行动参加作战，才能最大限度地发挥人民战争的威力。”
罗现卿当即表示反对：“现在条件不同了，随便放弃一些城市和地方会伤害这些地区人民群众的感情，应该尽可能采取堵水的办法，敌人进来就不好办了。”
林彪听后大怒，他说：“这是公开散布失败主义、投降主义的滥调。你们的这种谬论，说穿了，就是怕战争，怕帝国主义，怕革命，怕丢脑袋！”
两人的争论后来闹到了毛泽东那里，毛泽东更倾向于赞同罗瑞卿的看法，他说：“敌人到处可来，应处处备战，提高警惕，根据敌来势，以决定主攻、主防方向。”这自然令林彪更加不满了。
尽管此时林彪对罗瑞卿已经很不满，但他还是很欣赏罗瑞卿的工作能力和魄力，再加上罗瑞卿深得毛泽东的信任，他还是希望能把罗瑞卿拉拢过来。
1965年2月底，罗瑞卿来到上海，当时林彪也在上海，他便打电话要求过来向林彪汇报工作。林彪让罗瑞卿先去华东医院看望一下住院的刘亚楼，再和自己见面。
当时刘亚楼已经病重，他知道林彪和罗瑞卿的关系很僵，便劝罗瑞卿一定要主动找林彪消除误会，谈话的最后，刘亚楼神情凄然地对罗瑞卿说：“只要你和林总的误会消除了，我死也安心了。”
罗瑞卿明白林彪这是让病重的刘亚楼对自己进行说服，但他并不买账，他后来回忆起此事时说：“我当时只想，他林彪和我罗瑞卿都是为人民工作，这些话算是从何说起呢？”
不久以后，林彪约罗瑞卿见面，两人见面后，林彪面带微笑地问罗瑞卿：“你和亚楼谈得怎么样？”罗瑞卿只是随口敷衍了几句，然后便一声不吭。林彪一下子变了脸，对罗瑞卿更加失望。
1966年春天，在林彪的迫害下，罗瑞卿终于被“打倒”了，直到1973年11月24日，他才被解除监护。1975年8月，罗瑞卿被任命为中央军委顾问，再次出来工作。
1978年8月3日，罗瑞卿去世后，邓小平亲自为他致悼词，悼词里说：
罗瑞卿同志是大家所熟知的同林彪反党集团坚持斗争的英勇战士……林彪把他视为篡党窃国的障阻，采取卑鄙的阴谋手段，捏造罪名，加以诬陷，使罗瑞卿同志在精神上肉体上受到了残酷的折磨和摧残……林彪加给罗瑞卿同志的诬蔑不实之词和种种迫害，恰恰从反面证明了罗瑞卿同志是正确的。
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