根据《审计法》的规定，对于使用国家或政府财政资金项目工程，审计机关有权对项目的资金使用情况进行审计监督。这样一来就可能会出现以合同约定工程价款和审计认定工程造价结论两种结果。在工程结算时，应当以哪种结果进行结算呢?《审计法》第三条规定“审计机关依照法律规定的职权和程序，进行审计监督。审计机关依据有关财政收支、财务收支的法律、法规和国家其他有关规定进行审计评价，在法定职权范围内作出审计决定。”由此可见，审计机关对于使用国家或政府财政资金项目工程进行的工程造价审计，是其行使审计监督职责的具体表现，其结果只应针对接受其审计监督的特定主体，而不应延伸到民事领域，不能直接影响到建设工程施工合同的履行。
同时，需要注意到的是，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。”《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十三条规定“当事人在诉讼前共同委托有关机构、人员对建设工程造价出具咨询意见，诉讼中一方当事人不认可该咨询意见申请鉴定的，人民法院应予准许，但双方当事人明确表示受该咨询意见约束的除外。”《江苏省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第10条规定“当事人约定以行政审计、财政评审作为结算依据的，按照约定处理。但行政审计、财政评审部门明确表示无法进行审计或者无正当理由长期未出具审计结论，当事人申请进行司法鉴定的，可以准许。”
根据上述规定，如果当事人双方在建设工程施工合同中明确约定以审计机关的审计结论进行结算，或是双方当事人在审计机关作出审计结果后明确表示接受该审计结论约束的情况下，应当遵循当事人意思自治的原则，以该审计结论作为的结算依据。
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