在日本有两股很重要的洋流日本暖流和千岛寒流，这两股暖寒流在北海道附近交汇，由于海水密度的差异，密度大的冷水下沉，密度小的暖水上升，使海水发生垂直搅动，把海底沉积的有机质带到海面，为鱼类提供了丰富的食物，故鱼群密集，渔业资源丰富，使得北海道渔场成为世界著名的渔场。一万年前生活在日本列岛的绳纹人的基本生活就是依赖捕鱼、采集和狩猎，丰富的鱼类资源大大有利于绳纹人族群的壮大。绳纹人发明了陶器，迈开了从蒙昧走向文明的起点。人们根据陶器表面的绳纹式样，将弥生粗陶出现的以前约6000年间，公元前1万年至公元前三世纪通称为“绳纹时代”，长期以来作为日本历史的源头。
然而，1946年相泽忠洋与群马县新田郡悬町岩宿的裸露赤土层中，偶然发现了一些粗陋的黑曜石打制石器，形状如斧子的石器。经过明治大学考古学研室的专家鉴定，其年代比绳纹时代的石器更加古老。这一遗迹，现根据地被命名为“岩宿遗迹”，此次偶然的发现把日本历史的源头提前到“旧石器时代 ”，即先土器时代。岩宿遗址的发现，使人们掌握了一把通向远古迷宫的钥匙。此后日本全国各地发现陆续发现了约2000多处同属于旧石器时代的遗迹，从这些遗迹出土的石器，经鉴定全都是2万年前的石器，其形状大都呈刀状或矛状。
绳文时代一直持续到大约公元前300年前后,随后转为弥生时代,这个转变时期以来自亚洲大陆的稻作农业、金属工具及与绳文人不同形态特征的人群的出现为标志。弥生时代历时约600 年(公元前300 年至公元300年),在大约公元300年前后日本进入古坟时代。
关于日本民族的起源，自从上世纪30 年代以来，日本的考古学者，人类学者和历史学家进行了不懈的探索。日本人群种族历史演变的理论概括起来有五种，即“代替说”，“二重体形说”，“杂交说”，“连续说”，“移民说”。
“代替说”主张日本新石器时代的绳纹人被其他人群所替代后形成如今的日本人，这一假说在19世纪被提出
“二重体形说”强调了现代日本人群在体质形态上的异质性。
“杂交说”认为绳纹人与北部亚洲人群混杂后产生现在的阿伊奴人，与亚洲南部人群混杂后形成现在的非阿伊奴人。
“连续说”则认为，从绳纹人到现代日本人的血统是一脉相承的，不存在任何混血。
但是以上理论都不能很好的解释日本人群在体质特征上反映处的变化和差异，尤其是现代日本人群体质中包含的地理差异。比如，北海道的阿伊奴人和冲绳的琉球人与大多数日本人并不一样，反而和绳纹人相似。
“移民说”的提出弥补了前几种学说的不足，该 学说认为在弥生时代有相当规模的的移民来自亚洲的东北部地区,这一学说由日本学者金关丈夫在20世纪60年代提出。金关丈夫认为，弥生时代的人群具有高身材和高面特征在早期的绳纹人群是没有的，这些新的特征来自亚洲大陆，最有可能来自朝鲜半岛的居民。同时,他还指出这些移民还将新的文化 ,如水稻的种植技术和青铜器的铸造技术带到了九州北部和本州岛的最西部地区。这些移民与当地绳文系统的人群混合 , 他们的后裔在弥生时代末期或者古坟时代向东扩散 ,并逐渐到达日本的其他地方 。
“移民说 ”提出后,得到头骨形态学研究、牙齿人类学研究以及血型、耳垢、指纹、血液成分遗传因子等多方面研究的支持。这些研究都说明, 从弥生时代到现代, 日本人群存在形态上的连续性。同样 ,他们与绳文人之间形态上的不连续性说明有来自日本岛以外的基因。现代人基因研究和古代人母系线粒体 DNA的研究也得出同样的结果。病毒学的分析也反映出日本有原住民和外来移民两种分支人群的存在。
越来越多的科学研究结果已经使人们广泛接受了“移民说”的观点 ,即认为绳文时代以后的日本人群的体质形态上的巨大变化 ,是因为有来自大陆移民的强烈的基因和文化的影响。
1975 年美国学者克里斯蒂·托纳第一次对日本人、绳文人、阿伊努人 、史前中国人群的牙齿形态特征进行比较后,提出了关于日本列岛人群的 “二重起源—混 血说”。 他认为在日本列岛居民中同时存在（xun第四声）巽他型和中国型两种牙齿形态类型的人群,绳文人和阿伊努人属于巽他型 ,弥生人及现代日本人属于中国型。他进一步指出 ,巽他型牙齿特征形成距今大约3万至18000 年的东南亚地区 。拥有巽他型牙齿类型的早期东南亚人群沿亚洲大陆架向北迁移, 一直到日本的北海道 ,在日本形成绳文人和其后代阿伊努人。
在距今大约2000 年的弥生时代 , 具有中国型牙齿特征的东北亚人类从亚洲大陆抵达日本, 与当地绳文人发生部分融合形成了现代日本人。两种不同时间到达日本的人群发生混血并留下了后代 ,阿伊努人有较多的岛外基因的混血,而现代日本人只有少量为本土基因的绳文系阿伊努人的混血。简而言之 ,现代日本人血统存在一个二重起源, 大多数是大陆中国型人群的基因,少量来自巽他型的阿伊努人的基因。
换句话说,日本人群至少包含两种成分,一种来自亚洲大陆的东南亚地区, 这些人群形成了绳文人后通过微进化过程演变成为现在的阿伊努人和琉球人，那么另一种来自亚洲大陆的东北部，这些人群则演变成为现代日本人。两种成分的差异从弥生时代开始明显,并将这种差异一直保留到现代日本人群。该模式的提出者还指出“二重结构模式 ”不仅适合于日本人群的体质特征分布 ,也适合于日本的一些文化上的关系。
过去大多数的人类学家和考古学家认为来自亚洲大陆的移民的数量非常少,以至于几乎可以忽略这些移民的影响。但现在各种证据都显示出外来移民对日本原住民的巨大影响。根据人口每年增长的速率和头骨形态长期变化而做的计算机模拟显示,从弥生时代开始到8世纪的1000多年间,来自亚洲大陆的移民的整个数量被估计为从 40 万到超过100万。因此推断来到日本列岛的外来移民的数量是相当大的。
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