约在公元前3世纪。日本进入一个新的历史时期。该时期以1884年在东京弥生町向冈贝冢发掘的比绳纹陶器先进的球形陶壶为契机渐受世人瞩目，该陶器被定名为弥生式陶器，公元前3世纪到公园3 世纪之间的时代被称为弥生文化时代。经过考古学者的论证，人们逐渐明白，弥生陶器是农耕文化的产物，绳纹晚期来自大陆的新文化要素促使日本列岛发生了农业革命。这种新文化要素，最明显的表现就是日本各地发现了大量的水稻农耕遗址和金属器具。据考古发掘，绳纹后期九州地区以普遍种植水稻，稻作文化要素显然是从海外传播而来的。关于稻作的传入路线，主要有四种见解：华北迂回传播说；朝鲜间接传播说：南方迂回传播说和江南直接传播说。迄今，朝鲜间接传播说仍为日本和朝鲜的许多学者所倡导，也就是从中国江南北上经山东半岛、朝鲜半岛传到九州北部，而后在日本列岛传播开来。中国学者多倾向于江南直接传播说。近日遗传学专家经过对近畿地区弥生时代的池上曾根和唐古·键两处古代人居住遗址出土的碳化稻米进行DNA鉴定，进一步证实水稻是从中国大陆直接传到日本。
水稻的种植和铁器的开始应用，是弥生文化的重要特征。水稻传入不久，农耕技术迅速从九州地区传布到近畿地区，并波及全国。水稻农耕作为典型的生产经济方式，取代了以采集、狩猎、捕捞为主的自然经济，从根本上改变了日本列岛的文明景观。其主要体现在以下几个方面：住居和村落发生变化；陶器的器形和用途发生变化；纺织技术突飞猛进；原始宗教信仰的出现。这些变化与考古发现和《三国志（魏至·倭人传）》等史料可相互印证。
弥生初期，农耕用具虽主要是木器、石器，但是在中期以后，已从大陆传入铁质工具，随着冶炼技术的发展，青铜器和铁器制作的风行，日本列岛正式进入铁器时代。金属文化传入日本，或由大陆移民携来，或为中国朝廷赐予，或经交易获得。由于弥生时代直接从石器时代跃入铁器时代，因此与铁器主要生产工具不同，青铜器主要作为武器和祭祀 礼器盛行于世。特别是弥生时代后期，铜鉾、铜剑和铜 戈等完全失去作为实用武器的作用，铜[duó]铎也丧失本来作为乐器的机能，他们共同演变成神圣的礼器。从考古发掘分析，弥生时代的青铜器可划分为北九州为中心的青铜利器文化圈和以畿内为中心的铜[duó]铎文化圈。1984年岛根县荒神谷遗迹发现358年的铜剑，距离该处7米处还发现畿内至铜[duó]铎6件，北九州制的铜鉾16件。由此可见，两大文化圈并非孤立，两者存在着交流和影响。
水稻农耕作为典型的生产经济方式，取代了以采集、狩猎、捕捞为主的 自然经济，与此相应，以地缘为核心的村落共同体迅速产生并日益壮大，至弥生中期部落国家出现端倪。有关日本社会邪马台国的情况，最早的文献记载则源自我国的史书，因为当时的日本，尚未使用文字。
这部较为详细记载当时日本情况的古籍，便是晋代宫廷文人陈寿所著的《三国志·魏志》。该书的卷三十《东夷传》最后部分是《倭》，在日本被俗称为《倭人传》。根据该书的记载，公元三世纪，日本分为百余个国。在这些国里，有一个名叫邪马台国的较大的王国，它是一个由三十多个国家组成的联合国家。在这个国家里人们被分为王、大人、下户、奴婢等不同身份。
根据《倭人传》的记载，邪马台国的君主是一名女王，名曰卑弥呼，公元239年她曾经派遣使者【难生米】和【都市牛利】二人朝贡魏帝。这两名使者在洛阳拜见了魏明帝，献上了奴隶、布匹等礼物。魏明帝大悦。封卑弥呼为亲魏倭王，并赏赐铜镜百枚，且每面铜镜的背后均铸刻有三角缘神兽镜等几个汉字。
为什么邪马台国会立一名女子为国王呢，据《后汉书·东夷传》中记载“（huán）桓、灵间，倭国大乱，（gēng）更相攻伐，历年无主，乃立一女子名曰卑弥呼，共立为王。”
这句话我们可以分析出两点：其一，卑弥呼之前的邪马台国还有国王，而且应该是男王，因日本列岛还未完全摆脱母系氏族公社的残余，对母系神权仍有畏惧，所以有男王而国内不服，才“更相攻伐”。其二，部落内部的战争，阶级社会刚刚成立，是所谓英雄时代，国家已成为某姓私财，都想成为首领，所以“互相攻伐”。但多年战争无结果，只好找了一个代表神权、足以威慑平民的女子卑弥呼当国王。找卑弥呼的原因，《倭人传》中说：“（卑弥呼）事鬼道，能惑众。”这个卑弥呼女王知晓鬼道，能用巫术惑震慑众人。邪马台国人（dǔ）笃信鬼神。卑弥呼上台后，集政权于一身，利用宗教上的“鬼道”，很快就让全国的人，不分男女，服从了她的统治。更为神奇的是，自从她执政后，日本列岛就结束了男王统治时的混乱和无休止的争斗，各个部落很快相安无事，和平相处了。
女王独身，深居简出，由其弟辅助治理国政。卑弥呼为王以来从来没有外人能够见到她的面，只有千名仕女以及一名送伙食的男人出入宫闱。她是日本古代宗教鬼道教的发源者。
从公元239年至247年,卑弥呼曾经4次派遣使者到魏国。她第 一次派遣的是王国大夫【难升米】和【都市牛利】两名重臣。当时他们是如何抵达魏国都城洛阳的呢?日本的历史学家一般认为,他们首先来到朝鲜半岛,然后启程前往魏国都城洛阳。当时的邪马台国威震诸国,女王卑弥呼曾经在九州北部的【伊都国】设置有自己的管理机构,派驻有自己的官员。因此,难升米等人才得以从北部九州乘船先行抵达如今的朝鲜海峡的岛屿【对马】,然后,带方郡太守刘夏遣吏陪同他们取道海上前往魏国京城的。在这个时代,日本与大陆的往来是比较频繁的。但是,由于语言上的障碍,因而《三国志·魏志》称,日本使者是带着“译 员”来的。那么,这些翻译又是什么人呢 ? 据估计,他们很可能是从大陆迁居到日本,本来就会说汉语的人,或者是原本生活在日本列岛上,与大陆联系频繁,会说汉语的当地人。
直到公元247年，她才因病去世。
随后，日本国又更换以男人为国王，70多年的和平和宁静很快又被打破，举国又出现大乱。人们不堪战乱，认为还是女子为王更合适国情，于是再拥卑弥呼女王的女儿（yī）壱与为王。没过多久，日本国又神奇地恢复了原来的平静，国力开始上升，人民生活变好。在卑弥呼两代女王的统治下，邪马台国人民安居乐业，达到7万余户人家，人口30万以上，国力非常强盛。于是，日本流传一个咒语：“用女王，日本昌；立男王，日本乱。”由此，还逐渐形成了女子秉政的传统。
公元4世纪的后半叶,邪马台国灭亡,被【大和国家】所取代。日本史学界一般认为,这个邪马台国在九州北部,但也有的学者认为在近畿地方。目前,这两种观点依然处于对立并存状态。
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